Die Jungfraubahn Holding AG und ihre Tochtergesellschaften arbeiten eng mit der Berner Oberland-Bahnen AG zusammen. In ihrer Gesamtheit treten die beteiligten Gesellschaften unter der Bezeichnung «Jungfraubahnen» und unter der eingetragenen Marke «Jungfrau – Top of Europe» auf. Die Kooperation wird durch die Jungfraubahnen Management AG über die Management-Mandate geführt (Anteile: Jungfraubahn Holding AG 67%, Berner Oberland-Bahnen AG 33%).